Segundo a coluna do jornalista Lauro Jardim, do jornal O Globo, chegou ao gabinete de Mendonça o relato de que seu nome foi alvo de discussões em um jantar na casa de Alexandre de Moraes, com a presença do presidente Lula e do senador Davi Alcolumbre, com o objetivo de buscar formas de enfraquecê-lo.

O episódio ampliou o desconforto nos bastidores de Brasília em meio a pedidos da Procuradoria-Geral da República (PGR) para remeter partes das apurações à primeira instância — movimentação que o ministro tende a rejeitar para manter os casos sob sua relatoria no Supremo.

André Mendonça teria elevado o tom com a cúpula da Polícia Federal diante da demora no envio integral de informações relacionadas às investigações envolvendo Fábio Luís Lula da Silva, o Lulinha.

Segundo a coluna do jornalista Lauro Jardim, de O Globo, Mendonça teria solicitado há meses o acesso aos dados brutos das apurações e também informações sobre eventuais mudanças na equipe responsável pelo caso. A ordem, segundo o relato, não teria sido integralmente cumprida.
Ainda de acordo com a publicação, o impasse já teria levado à participação do Ministério da Justiça e da AGU em tentativas de mediação entre o gabinete do ministro e a Polícia Federal.

Apuração de obstrução: Diante do atraso no envio de relatórios e depoimentos, Mendonça pediu a assessores que reunissem dados para verificar se houve desobediência processual ou obstrução de justiça por parte do chefe da PF.

Posição da PF: Andrei Rodrigues recorreu à Advocacia-Geral da União (AGU) para questionar o formato da ordem, e os 27 superintendentes regionais da PF assinaram documentos em defesa da autonomia investigativa do órgão.

Sem ordem de prisão: Apesar do atrito institucional de grande repercussão, não há decreto ou ameaça formal de prisão contra o diretor-geral em curso no STF.